Przez Zgierz przepływa rzeka Bzura, będąca lewym dopływem Wisły, mająca swoje źródła w łódzkim Lesie Łagiewnickim.

Uwarunkowała ona procesy osadnicze (zaopatrując mieszkańców w wodę, energię oraz budulec) i późniejszy rozwój przemysłowy.

Funkcje rekreacyjne dla mieszkańców pełnią zbiorniki wodne: "Malinka", Staw Miejski, "Piętnastki" (zespół stawów przy trasie Zgierz-Stryków, za granicami miasta o pow. 19,4 ha), Stawy Majewskiego oraz grupa stawów na północ od osiedla Pietrusińskiego.